14-15 Fotoherkenning Paddenstoelen: een vloek of een zegen?

Fotoherkenning Paddenstoelen: een vloek of een zegen? Coolia 2020(3)

In recent years there has been an explosion in the availability of apps for smartphones that can be used to help with mushroom identification in the field. There are a number of approaches available, ranging from those apps that identify mushroom automatically based on the use of Artificial Intelligence (AI) and automated Image Recognition, through those that require the user to use traditional dichotomous keys or multi-access keys, to those that may only have a range of images without a clear system for identification of any species of interest

The coolia article seems related to this article Artificial Intelligence for plant identification on smartphones and tablets


BACHELORARBEIT MAGIC MUSHROOM APP -Mit Deep Learning essbare Pilze erkennen met Python!!! https://www.ntb.ch/fileadmin/NTB_Institute/ICE/projekte/MagicMushroom/JUNG_R._WAGNER_D._MagicMushroom_App-Pilzklassifikation_mit_CNNs.pdf Deep Shrooms: classifying mushroom images https://tuomonieminen.github.io/deep-shrooms/ https://github.com/TuomoNieminen/deep-shrooms (Python) https://teekoivi.users.cs.helsinki.fi/ https://ujjwalkarn.me/2016/08/11/intuitive-explanation-convnets/ https://www.youtube.com/watch?v=f6Bf3gl4hWY Shroomnet: Kunstliches neuronales Netz f ¨ ur die Bestimmung von Pilzarten https://www.obermeier.ch/wp-content/uploads/2018/12/ShroomNET_small.pdf !! Artificial Intelligence for plant identification on smartphones and tablets https://bsbi.org/wp-content/uploads/dlm_uploads/BSBI-News-144-pp34-40-plant-id-apps-final.pdf https://web.plant.id/ TUOMAS NIEMINEN DEEP LEARNING IN QUANTIFYING VASCULAR BURDEN FROM BRAIN IMAGES https://www.semanticscholar.org/paper/TUOMAS-NIEMINEN-DEEP-LEARNING-IN-QUANTIFYING-BURDEN-Eskola/aea24dc5822ac9f5af4801f9aaf9ab864cf23aea Apps for identification mushrooms--------------------------------------------------------------------- Obsidentify https://play.google.com/store/apps/details?id=org.observation.obsidentify Deens svampeatlas https://play.google.com/store/apps/details?id=com.noque.svampeatlas Duits https://play.google.com/store/apps/details?id=com.nastylion.pilz iNaturalist Seek https://play.google.com/store/apps/details?id=org.inaturalist.seek Google Lens https://play.google.com/store/apps/details?id=com.google.ar.lens https://iphylo.blogspot.com/2020/08/taxonomic-concepts-continued-inaturalist.html https://jumear.github.io/stirfry/iNat_obs_counts_by_iconic_taxa.html https://forum.inaturalist.org/t/show-photos-by-life-stage-in-compare-identotron/13238 I would support the addition of an annotations filter on the Identotron (Compare) page, that filtered by Life Stage, Sex or Phenology stage. It would be really useful - I end up going to the taxon pages and using the pictures and Life Stage options: (e.g https://www.inaturalist.org/taxa/47213-Sphingidae/browse_photos?term_id=1&term_value_id=6&place_id=113055 1) - it would be nice if that filter could be on the identotron. (I would also like parts, like: leaves, fruit, flowers, bark, habit, but I dont see how this could be done). Op onderstaande Plattegronden, kaarten kun je Hoogkerk zien liggen op het Gele zandplateu, zandrug iets ten noordwesten van Groningen, Groningen zelf ligt op een uitloper van de Hondsrug. https://photos.app.goo.gl/zTTXvnFPM6aoJDr89

Born, Source, Referentie

1. https://www.delpher.nl/nl/kranten/results?query=Roege Bos 1. https://www.dekrantvantoen.nl/ 1. https://www.avifaunagroningen.nl/index.php/ontdek-vogels/gebieden/42-stad-groningen 1. Broedvogels van de vloeivelden van de Suikerunie Groningen 1. https://www.avifaunagroningen.nl/site/downloads/phocadownload/grauwegors/GG2007_1online.pdf 1. A&W Effecten op de Geoorde fuut https://www.labnol.org/embed/google/photos/ 1. https://notebooks.gesis.org/binder/jupyter/user/samtreesandbushes-inatirecord-4qnyzsh7/tree 1. https://forum.inaturalist.org/t/tool-for-exporting-inaturalist-data-to-irecord/19160/2 1. https://colab.research.google.com/ 1. https://mybinder.org/v2/gh/samtreesandbushes/iNatiRecord/e57bc9b53decb6376ea9519719a8a7f3bcaec087 1. https://kildor.name/react/inat-converter/Met statistisch journaal posts 1. https://notebooks.gesis.org/binder/jupyter/user/samtreesandbushes-inatirecord-4qnyzsh7/tree 1. test 1. https://github.com/niconoe/pyinaturalist test 16. Krabbenscheer en Groene glazenmaker verdwenen bij Nathalie Barneykade (De Held) Fenologiewaarnemingen met Vruchten, Bloemen en Bloemknoppen(uit Florida) https://kildor.name/react/inat-converter/Met Google translate kun je ook statistisch journaal posts maken. er is een tool voor die de noodzakelijke alineas (page breaks) toevoegt, origineel is het gebruikt om statische to Flora of Russia projectte schrijven en zet ook wat statistieken om in HTML .

 

Jaargangen 1954 t/m 2002

1954: ¦ Coolia 1(1-3) ¦ Coolia 1(4) ¦ Coolia 1(5) ¦ Coolia 1(6)
1955: ¦ Coolia 2(1) ¦ Coolia 2(2) ¦ Coolia 2(3) ¦ Coolia 2(4) ¦ Coolia 2(5) ¦ Coolia 2(6)
1956: ¦ Coolia 3(1) ¦ Coolia 3(2) ¦ Coolia 3(3-4) ¦ Coolia 3(5) ¦ Coolia 3(6)
1957: ¦ Coolia 4(1) ¦ Coolia 4(2) ¦ Coolia 4(3) ¦ Coolia 4(4)
1958: ¦ Coolia 4(5) ¦ Coolia 5(1) ¦ Coolia 5(2) ¦ Coolia 5(3-5) ¦ Coolia 5(6)
1959: ¦ Coolia 6(1) ¦ Coolia 6(2-3) ¦ Coolia 6(4)
1960: ¦ Coolia 6(5-6) ¦ Coolia 7(1) ¦ Coolia 7(2) ¦ Coolia 7(3) ¦ Coolia 7(4)
1961: ¦ Coolia 7(5) ¦ Coolia 8(1) ¦ Coolia 8(2) ¦ Coolia 8(3-5)
1962: ¦ Coolia 9(1-2) ¦ Coolia 9(3-4) ¦ Coolia 9(5) ¦ Coolia 9(6)
1963: ¦ Coolia 10(1-2) ¦ Coolia 10(3)
1964: ¦ Coolia 10(4-5) ¦ Coolia 11(1-3)
1965: ¦ Coolia 11(4-6) ¦ Coolia 12(1-2)
1966: ¦ Coolia 12(3-5) ¦ Coolia 13(1) ¦ Coolia 13(2)
1967: ¦ Coolia 13(3) ¦ Coolia 13(4) ¦ Coolia 13(5)
1968: ¦ Coolia 13(6) ¦ Coolia 14(1) ¦ Coolia 14(2) ¦ Coolia 14(3) ¦ Coolia 14(4)
1970: ¦ Coolia 14(5) ¦ Coolia 14(6)
1971: ¦ Coolia 15(1) ¦ Coolia 15(2) ¦ Coolia 15(3)
1972: ¦ Coolia 15(4) ¦ Coolia 15(5) ¦ Coolia 15(6)
1973: ¦ Coolia 16(1-2) ¦ Coolia 16(3) ¦ Coolia 16(4)
1974: ¦ Coolia 17(1) ¦ Coolia 17(2) ¦ Coolia 17(3) ¦ Coolia 17(4) ¦ Coolia 17sup
1975: ¦ Coolia 18(1) ¦ Coolia 18(2) ¦ Coolia 18(3) ¦ Coolia 18(4)
1976: ¦ Coolia 19(1) ¦ Coolia 19(2) ¦ Coolia 19(3) ¦ Coolia 19(4)
1977: ¦ Coolia 20(1) ¦ Coolia 20(2) ¦ Coolia 20(3) ¦ Coolia 20(4)
1978: ¦ Coolia 21(1) ¦ Coolia 21(2) ¦ Coolia 21(3) ¦ Coolia 21(4)
1979: ¦ Coolia 22(1) ¦ Coolia 22(2) ¦ Coolia 22(3) ¦ Coolia 22(4)
1980: ¦ Coolia 23(1) ¦ Coolia 23(2) ¦ Coolia 23(3) ¦ Coolia 23(4)
1981: ¦ Coolia 24(1) ¦ Coolia 24(2) ¦ Coolia 24(3) ¦ Coolia 24(4)
1982: ¦ Coolia 25(1) ¦ Coolia 25(2) ¦ Coolia 25(3) ¦ Coolia 25(4)
1983: ¦ Coolia 26(1) ¦ Coolia 26(2) ¦ Coolia 26(3) ¦ Coolia 26(4)
1984: ¦ Coolia 27(1) ¦ Coolia 27(2) ¦ Coolia 27(3) ¦ Coolia 27(4)
1985: ¦ Coolia 28(1) ¦ Coolia 28(2) ¦ Coolia 28(3) ¦ Coolia 28(4)
1986: ¦ Coolia 29(1) ¦ Coolia 29(2) ¦ Coolia 29(3) ¦ Coolia 29(4)
1987: ¦ Coolia 30(1) ¦ Coolia 30(2) ¦ Coolia 30(3) ¦ Coolia 30(4)
1988: ¦ Coolia 31(1) ¦ Coolia 31(2) ¦ Coolia 31(3) ¦ Coolia 31(4)
1989: ¦ Coolia 32(1) ¦ Coolia 32(2) ¦ Coolia 32(3) ¦ Coolia 32(4)
1990: ¦ Coolia 33(1) ¦ Coolia 33(2) ¦ Coolia 33(3) ¦ Coolia 33(4)
1991: ¦ Coolia 34(1) ¦ Coolia 34(2) ¦ Coolia 34(3) ¦ Coolia 34(4)
1992: ¦ Coolia 35(1) ¦ Coolia 35(2) ¦ Coolia 35(3) ¦ Coolia 35(4) ¦ Coolia 35sup
1993: ¦ Coolia 36(1) ¦ Coolia 36(2) ¦ Coolia 36(3) ¦ Coolia 36(4)
1994: ¦ Coolia 37(1) ¦ Coolia 37(2) ¦ Coolia 37(3) ¦ Coolia 37(4)
1995: ¦ Coolia 38(1) ¦ Coolia 38(2) ¦ Coolia 38(3) ¦ Coolia 38(4) ¦ Coolia 38sup
1996: ¦ Coolia 39(1) ¦ Coolia 39(2) ¦ Coolia 39(3) ¦ Coolia 39(4)
1997: ¦ Coolia 40(1) ¦ Coolia 40(2) ¦ Coolia 40(3) ¦ Coolia 40(4)
1998: ¦ Coolia 41(1) ¦ Coolia 41(2) ¦ Coolia 41(3) ¦ Coolia 41(4)
1999: ¦ Coolia 42(1) ¦ Coolia 42(2) ¦ Coolia 42(3) ¦ Coolia 42(4)
2000: ¦ Coolia 43(1) ¦ Coolia 43(2) ¦ Coolia 43(3) ¦ Coolia 43(4)
2001: ¦ Coolia 44(1) ¦ Coolia 44(2) ¦ Coolia 44(3) ¦ Coolia 44(4)
2002: ¦ Coolia 45(1) ¦ Coolia 45(2) ¦ Coolia 45(3) ¦ Coolia 45(4)
Posted on October 12, 2020 06:13 PM by ahospers ahospers

Comments

iNaturalist currently uses vision models in two main places:
1) a private web-based API used by the website and the iNaturalist iOS and Android apps, and
2) within the recently updated Seek app.

When Seek 2.0 was released in April, it included a different vision model than we were using on the web. At that time the web-based model was a third-generation model we started using in early 2018. That web-based model was trained with the idea it would be run on servers, and servers can be configured to have far more computing power than a mobile device. As a result that model was far too large to be run on mobile devices.

Early this year, with an updated Seek in mind, we started another training run with two main goals:
-shrinking the file size of the model, and
-allowing it to recommend taxonomic ranks other than species (e.g. families, genera, etc.).

Smaller
The mobile version of the model needs to be small in terms of file size to minimize the amount of data app users would need to download. Smaller models can also be used by more devices as they need fewer resources to run (e.g. memory, battery), and can generate results faster, which is important for Seek's real-time camera vision results. These models take a lot of time and money to train, so we also wanted a model that could be simultaneously trained to produce a large web-based version and a smaller version for use in mobile devices.

Unfortunately, shrinking the file size like this slightly decreased model accuracy compared to the larger web-based version (kind of similar to image compression), and we found that was an unavoidable tradeoff. We take this into account when processing the model results, and on average for a similar error rate, the mobile version might recommend a taxon at a higher taxonomic rank than the web-based version. The taxon results we show to users shouldn't be less accurate, but they may be less specific.

More Species Represented
We wanted the model to include more species data, even when some species don't have enough photos to be recognized as species level. There are some species with a small amount of photos that, if we trained on that small set of photos, likely wouldn't have enough information for the model to reliable recognize those species.

Our 2018 model only included taxa at rank species. We set a threshold for number of photos, and species below the threshold were not included. We could still recommend higher taxa by doing some post-processing of results, but the model itself would only assign scores to species. In our latest training run we allowed the photos from species under the threshold to be rolled up into their ancestor taxa until the threshold was reached, and we allowed the model to assign scores to these non-species nodes. This allows more species to be represented in this newer model, sometimes at the genus level mixed up with photos of other species in the genus under our threshold. Now instead of not knowing anything about these species, the model can at least identify the genus or family, etc.

https://www.inaturalist.org/blog/25510-vision-model-updates

Posted by ahospers over 3 years ago

https://kildor.name/react/inat-converter/Met Google translate kun je ook statistisch journaal posts maken. er is een tool voor die de noodzakelijke alineas (page breaks) toevoegt, origineel is het gebruikt om statische to Flora of Russia projectte schrijven en zet ook wat statistieken om in HTML .

Posted by ahospers over 3 years ago

Het tegenovergestelde was waar. We hebben allemaal van dichtbij kunnen zien hoe diep politiek en wetenschap met elkaar verweven raakten. Dat lag en ligt er duimendik bovenop. Maar als het om kinderen gaat, geloven we blijkbaar liever in de grootst mogelijke onzin. Naar school, ook al weet niemand ècht hoe veilig of onveilig het is.

RIVM onderzocht hoe besmettelijk kinderen waren, terwijl ze thuis zaten

Tijdens de eerste golf vroeg de Nederlandse overheid het RIVM te onderzoeken hoe het dan precies zat met die kinderen en hun bevattelijkheid voor SARS-CoV-2. En terwijl het in de Verenigde Staten flink mis ging onder de kinderen, in Indonesië het ene na het andere kind stierf, kwam het RIVM met een – tja, hoe moet je het eigenlijk noemen – ‘onderzoek’ onder kinderen (voornamelijk) van positief geteste zorgmedewerkers in Utrecht. De scholen waren gesloten, uitbraakgebied Brabant waar veel kinderen ziek werden werd uitgesloten van het onderzoek en de kinderen in Utrecht leefden in hoge mate geïsoleerd van de samenleving. Het zal dan ook geen grote verrassing zijn dat het RIVM tot de conclusie kwam: kinderen raken wel besmet, maar in veel mindere mate dan volwassenen en zijn zelden tot nooit het eerste geval binnen een huishouden. Niet zo gek als één van je ouders in de zorg werkt en daar zeker in de eerste golf veel medewerkers besmet raakten. Conclusie van het RIVM: “Kinderen dragen coronavirus nauwelijks over.” Dat zo’n onderzoek verre van wetenschappelijk is, dat hoef je een kind nog niet uit te leggen, maar opdrachtgever VWS vond het allang best. Het kwam de politiek handig uit.

Eind april maakte Ann Vossen in het programma van Eva Jinek duidelijk dat het juist de bedoeling was dat het virus zich zou blijven verspreiden, ook via de kinderen en de crèches. En dat geeft maar aan: ook in Nederland was het toen al niet onbekend dat kinderen bevattelijk en besmettelijk zijn. Onderwijsminister Slob hoefde de resultaten van dat RIVM ‘onderzoek’ dan ook niet af te wachten, het was een bewuste keuze om kinderen, ondanks alles, weer naar school te laten gaan. Dus dat gebeurde ook. Niet de al grote kinderen, maar de kleintjes. De kleintjes die op nul, niets, geen enkele manier voor hun eigen veiligheid en welzijn kunnen opkomen. Kleintjes die v https://ginnymooy.com/2021/01/05/politieke-spelletjes-met-kinderen/

Posted by ahospers over 3 years ago

Add a Comment

Sign In or Sign Up to add comments